分子对接(配体 – 蛋白、蛋白 – 蛋白、蛋白 – DNA)
盲对接、基于约束的对接、虚拟筛选、配体-蛋白相互作用谱、配体-蛋白相互作用图、MM-GBSA 重打分、残基能量分析、对接验证
分子动力学模拟(50、100、150、200、250、300 纳秒)
均方根偏差(RMSD)、回旋半径(RoG)、溶剂可及表面积(SASA)、MMGBSA 分析、主成分分析(PCA)、动态交联相关矩阵(DCCM)及蛋白 – 配体接触分析、各向异性网络模型(ANM)、高斯网络模型(GNM)